Research Upskilling
March 15, 2020
Beberapa upaya kolaboratif
March 25, 2020

Melacak koronavirus – 1

Ini bukan yang pertama

SARS-CoV-2 adalah satu dari sekian virus yang menyebabkan gangguan kesehatan. Namun, dia adalah yang pertama dinyatakan sebagai pandemik global oleh umat manusia.

Oleh: Anton Novenanto

Ini bukan yang pertama

Pada saat melacak usul-asal “koronavirus”, perhatian pertama saya tertuju pada artikel yang ditulis oleh Jie Cui, Fang Lie, & Zhen-Li Shi.[1] Artikel itu berjudul: “Origin and evolution of pathogenic coronaviruses”. Metadata yang tersedia menyebutkan bahwa artikel itu diterbitkan secara daring pertama kali pada 10 Desember 2018, dan baru terbit dalam bentuk cetak pada edisi Maret 2019 jurnal Nature Reviews Microbiology.

Dalam artikel itu, kita dapat mengetahui bahwa koronavirus bukanlah makhluk baru di bumi ini. Koronavirus adalah sejenis virus yang menyebabkan infeksi pernafasan dan usus pada binatang dan manusia.[2]

Merujuk pada Komite Internasional Taksonomi Virus (ICTV), koronavirus adalah anggota dari sub-familia Coronavirinae, familia Coronaviridae, ordo Nidovirales. Subfamilia itu terdiri dari empat genus: Alphacoronavirus, Betacoronavirus, Gammacoronavirus, dan Deltacoronavirus. Virus dari dua genus yang pertama menyerang hanya mamalia dalam bentuk gangguan pernafasan dan pembengkakan saluran pencernaan. Sementara itu, virus dari dua genus yang terakhir menyerang burung dan juga mamalia.

Pada tahun 2002, virus ini menjadi perhatian umat manusia dengan kejadian luar biasa (KLB) Severe-Acute-Respiratory-Syndrome (SARS) yang terjadi di China. Ilmuwan menemukan bahwa KLB itu disebabkan oleh virus yang kemudian dinamai: SARS-CoV.

Pada 2013, jenis virus ini kembali menggemparkan kita dengan kemunculan KLB Middle-East-Respiratory-Syndrome (MERS) di beberapa negara Timur Tengah. Virus yang menyebabkan dinamai: MERS-CoV.

Cui, Li, & Shin menulis artikel tersebut sebagai respons atas kemunculan KLB baru, Swine-Acute-Diarrhoea-Syndrome (SADS) di Provinsi Guangdong, China. Virus yang menyebabkan kematian mendadak babi-babi, khususnya anak babi, pada kurun Oktober 2016 sampai Mei 2017 itu dinamai: SADS-CoV.[3]

SARS-CoV

Penelitian-penelitian ilmiah menemukan bahwa 7 dari 11 spesies Alphacoronavirus dan 4 dari 9 spesies Betacoronavirus teridentifikasi di kelelawar. Temuan inilah yang memunculkan pemikiran bahwa usul-asal virus ini adalah dari kelelawar.[4]

Pada saat epidemi SARS hampir seluruh pasien yang terpapar melakukan kontak dengan hewan sebelum menjadi penyakit. Yang menarik adalah SARS-CoV dan antibodi SARS-CoV ditemukan pada musang bulan (Paguma larvata).[5]

Pada 2005, peneliti menemukan SARS-CoV pada kelelawar tapal kuda (Rhinolophus) sehingga memunculkan dugaan bahwa SARS-CoV berasal dari kelelawar jenis ini dan musang hanya perantara saja.

Sebuah studi yang memakan waktu 5-tahun menemukan sebuah gua kelelawar di Provinsi Yunan, China yang diduga menjadi hotspot bagi perkembangbiakan SARS-CoV. Temuan ini cukup membingungkan karena tidak ditemukan kasus SARS di provinsi tersebut pada saat KLB SARS tahun 2002.

Cui, Li & Shin menduga bahwa meskipun induk alamiahnya adalah kelelawar SARS-CoV membutuhkan binatang lain sebagai perantara (salah satunya adalah musang) untuk bermutasi sebelum bisa masuk ke tubuh manusia.[6]

MERS-CoV & SADS-CoV

Apabila SARS-CoV butuh musang sebagai inangnya, MERS-CoV butuh unta.[7] Hal ini dibuktikan oleh temuan-temuan ilmiah atas antibodi MERS-CoV dalam tubuh unta dari Timur Tengah, Afrika dan Asia.

Temuan yang paling menarik adalah MERS-CoV ditemukan dalam sebuah sampel unta yang diambil pada tahun 1983. Temuan ini mengindikasikan bahwa MERS-CoV sudah ada dalam tubuh unta selama lebih dari 30 tahun yang lalu.

Ada dua jenis MERS-CoV: L1 & L2.[8] Virus L1 yang ditemukan di Timur Tengah (Uni Emirat Arab, Saudi Arabia, Oman dan Yordania) dan Asia (Korea Selatan dan Thailand) telah menyebabkan KLB pada manusia. Sementara itu virus L2 yang ditemukan di Afrika (Nigeria, Burkina Faso, dan Etiopia) dan Timur Tengah (Maroko) tidak menyerang manusia.

Temuan-temuan ini cukup membingungkan para ahli. Bagaimana cara unta bisa terinfeksi bila kita berada dalam asumsi bahwa inang alamiah koronavirus adalah kelelawar?

Proses mutasi koronavirus tidak hanya menyerang manusia. Pada Oktober 2016 sampai Mei 2017, muncul KLB terhadap babi-babi yang diternak di empat lokasi di Provinsi Guangdong, China. Tingkat kematian pada babi, khususnya anak babi mencapai 90%. Gejala ini dikenal dengan Swine-Acute-Diarrhoea Syndrome (SADS). Ini adalah kejadian pertama koronavirus menyerang binatang ternak.[9]

Lagi-lagi, belum ada temuan yang dapat menjelaskan bagaimana koronavirus dapat pindah dari kelelawar (genus Rhinolophus) ke babi. Meskipun begitu, muncul pelbagai dugaan tentang kemungkinan-kemungkinan proses mutasi, transmisi dan rekombinasi koronavirus pada inangnya.

Pada saat tulisan itu disusun (akhir 2018), belum ada perlakuan klinis atau strategi preventif untuk mengantisipasi masuknya koronavirus pada tubuh manusia.

[bersambung]

Sumber acuan:

[1] Jie Cui, Fang Li, dan Zheng-Li Shin, “Origin and evolution of pathogenic coronaviruses,” Nature Reviews Microbiology 17 (Maret 2019): 181–92.

[2] Cui, Li, dan Shin, 181.

[3] Cui, Li, dan Shin, 190.

[4] Cui, Li, dan Shin, 181.

[5] Cui, Li, dan Shin, 182.

[6] Cui, Li, dan Shin, 183.

[7] Cui, Li, dan Shin, 186.

[8] Cui, Li, dan Shin, 189.

[9] Cui, Li, dan Shin, 190.


%d bloggers like this: